Primul și cel mai important pas pentru formarea unui microbiom sănătos al bebelușului este nașterea pe cale vaginală, fără ca mama să primească antibiotice înainte sau în timpul nașterii. În mod normal, prima expunere a copilului la bacterii are loc atunci când acesta traversează canalul de naștere. Bebeluşul este acoperit cu bacterii, iar o parte din acestea sunt înghițite. De asemenea, bebeluşul obține alte bacterii de la mama sa în urma alăptării. În cazul nou-născuților la termen, alimentați la sân, tractul digestiv va fi populat în special cu bifidobacterii. Situația este însă diferită în cazul nașterii prin cezariană.
În cazul copiilor care nu sunt alimentați natural şi care primesc diferite formule artificiale de lapte, bifidobacteriile sunt de circa 10 ori mai puține, iar riscul colonizării cu specii patogene creşte. Pentru a da timp microbiomului să se dezvolte, baia bebelușului după nașterea naturală ar trebui amânată 24 ore.
În felul acesta pielea micuțului este protejată de posibilele bacterii periculoase. Spălarea imediat după naștere îndepărtează aceste bacterii protectoare care formează acea barieră care asigură imunitatea nativă de la nivelul pieli.
Lucrurile sunt puțin diferite atunci când vorbim de nașterea prin cezariană
Un copil care se naşte prin cezariană pierde această colonizare inițială cu bacteriile benefice (pe care o are un copil născut pe cale naturală), diversitatea populațiilor lui bacteriene fiind mult mai scăzută. În aceste cazuri, primul contact al bebelușului va fi cu bacteriile exterioare, cele ce se găsesc într-o sală de operație sau în brațele personalului medical care îl îngrijește în primele ore de viață.
Riscul colonizării cu bacterii multirezistente este cât se poate de real. Mai mult, există o tendință de întârziere în inițierea alăptării în cazul femeilor care nasc prin cezariană.
Microbiota intestinală a unui copil născut prin cezariană se echilibrează în aproximativ 6 luni, în timp ce microflora unui copil născut natural se echilibrează după prima lună de viață și este formată din Bifidobacterii în proporție de până la 90%. Așadar, este important ca produsele ce conțin probiotice care sunt administrate sugarului născut prin cezariană pentru echilibrarea microbiotei intestinale să aibă în compoziție Bifidobacterii.
În primele zile de viață, este important și ca bebelușul să beneficieze de contact neîntrerupt cu pielea mamei și inițierea rapidă a alăptării pentru a încerca echilibrarea bacteriilor de pe pielea lui cu cele prezente pe corpul matern.